Когда ученые заглянули в человеческий геном, там оказалась не аккуратная семейная фотография, а вечеринка, где кто-то явно забыл подписать бейджик. Неандертальцы? Есть. Денисовцы? Тоже отметились. А теперь выясняется: в нашей ДНК прячется еще один гость — древняя «призрачная» линия людей.

И призрак этот не из страшилки у костра. Он из Африки.

Исследователи, в основном из Беркли, использовали новый аналитический инструмент TRACE. Его задача — искать в геноме участки с подозрительной биографией. Представьте старую монету, которую вчера подбросили в современный кошелек. По возрасту она древняя, но потертостей от нынешней жизни почти нет.

Так и здесь. Участки ДНК от отдельной древней линии должны выглядеть «старыми» по происхождению, но «молодыми» по числу рекомбинаций — перемешиваний хромосомных фрагментов. Это и есть след интрогрессии: когда одна человеческая линия когда-то внесла свои гены в другую.

Сначала TRACE проверили на знакомых героях — неандертальской и денисовской ДНК. Инструмент справился: точность превысила 90%, а ложных находок оказалось меньше четверти процента. После этого ученые перешли к примерно 500 современным геномам.

И тут из тумана вышел он.

Новая загадочная линия оставила в современных людях около 0,5–1,1% генома. Кажется, мелочь? Но в сумме это почти 1,5 миллиарда пар оснований. Половина человеческого генома по объему данных! Конечно, эти фрагменты разбросаны по разным людям и участкам, как осколки древнего зеркала.

Самое важное: следы есть у всех современных популяций. Значит, встреча произошла еще до того, как Homo sapiens массово вышел из Африки. У африканских популяций эти фрагменты разнообразнее — логично, ведь при расселении за пределы континента часть древнего генетического багажа просто не попала в «чемодан».

По оценкам, эта линия разошлась с нашими предками более 800 тысяч лет назад. Примерно тогда же, когда расходились ветви, ведущие к неандертальцам и денисовцам. Но прямого генома этой группы у науки пока нет. Ни кости с ДНК, ни подписанного черепа: «Здравствуйте, это мы».

Есть и еще более глубокий след. В денисовской ДНК обнаруживается крошечная примесь от «суперархаичной» линии, отделившейся от нашей почти 1,8 миллиона лет назад. Возможно, это были потомки Homo erectus или близкой группы. Часть такого наследства через денисовцев попала и к современным людям Океании.

Что дали нам эти древние фрагменты? Пока неясно. Некоторые лежат рядом с генами иммунитета и обмена веществ, но делать громкие выводы рано.

Зато ясно другое: человеческая история — не прямая стрела, а река с притоками, заводями и подземными ручьями. Иногда самый тихий ручей оказывается старше всех.

Исследование опубликовано в Science: 10.1126/science.aef8874.